马祖寺庙会起源于古青城县城西马祖社区。原古青城县（公元569年建县，公元1276年废）都江堰市的前生。马祖寺坐落在四川省都江堰市石羊镇马祖村。东临岷江，西靠青城山，北依都江堰，紧挨杜家墩子（古城），地处都江堰和青城山的中心。交通便利，文化底蕴深厚。
公元814年，为纪念马祖高僧弟子怀海实施“百丈清规”，在正月初九将道家“仙草”(川芎)，首次移入寺院作为农禅并重“禅养”举行祭拜仪式。此后，将每年这一天作为祭拜日而形成庙会传承至今，俗称“潮上九”。
当地药农把种川芎叫“养川芎”，收割川芎叫“起川芎”，川芎已成为地理标志中药材。
据史载，清朝康熙年间，雪平和尚大振寺院，买田千亩养川芎，一时庙务大兴，召众百姓潮庙赶集。形成以庙会兴成都药市、蚕市、茶市，文化“才女会”活动等，逐出才貌双绝徐惠而著名。公元943年，16岁的徐惠选入后蜀成皇妃，世称“花蕊夫人”。
民国二十九年（公元1940年），石羊临江中学迁入寺院。庙会文化活动场地由寺庙逐移到徐渡场镇和石羊场镇。
建国后，几经“运动”，祭拜仪式停止，但民俗庙会依然活跃。来自日本、韩国等国际友人寻宗参拜（马祖是韩国新罗九山禅门始祖）川芎中医药禅文化。1990年，当地群众自发在马祖寺墓群（右侧）重建后，恢复每年正月初九举行“川芎入禅”祭祀。
随着旅游人气的不断攀升，号称“一昭觉、二草堂、三马祖、四迎祥”之说的庙会由此而繁荣，至今己传承1203年。
