万佛湖景区在发展建设过程中，始终坚持“创新、协调、绿色、开放、共享”新发展理念，科学整理规划旅游资源，创造了和平安定、绿色有序的旅游环境。

在景区发展初期，万佛湖景区不仅有沿湖矿业企业和集镇生活污水的排放污染，也有围湖养殖、三无船舶偷渔、非法采砂等乱象，周边还存在毁坏林木、开山炸石等破坏水源涵养地的行为，生态环境受到严重的破坏和威胁。由于周边群众的不理解，生态环保工作难以推进。

自“绿水青山就是金山银山”的重要论述提出以来，景区积极践行“两山”理论，以提高群众生态环保意识为第一任务，先后联合了各个乡镇、各个部门，深入到一线群众中做环保宣传工作，对非法排污、围湖筑坝、违法采砂等违法行为进行告诫、制止，并通过张贴宣传标牌、出动宣传车等进行了多次大规模的宣传。在不断努力下，沿湖群众生态环保意识得到普遍提高，“绿水青山就是金山银山”的理念得到广大群众的热烈拥护。在此之后，通过贯彻落实湖长制、林长制等制度，借助联防联治、群防群治等方式，对周边生产经营性场所污染、上游河流来水污染、农业面源污染、库汊养殖污染等污染源进行了坚决的整治，先后实施了湖内网箱退出、三无船舶整治、非法采砂打击、非法捕捞打击、集镇污水处理厂建设、水质监测等系列生态修复工程，尤其是2013年9月舒城县政府投资1.2亿元一次性拆除万佛湖7603只网箱，有效地保护了万佛湖水质和环湖区域的生态环境。通过不懈努力，现在的万佛湖水质清冽、景色如画，已经成为合肥水源地、国家水产种质资源保护基地。